QNAP NASのWebディレクトリのルートは/share/Webとなっており、
通常は変更する事が出来ません。
しかし、設定ファイルを直接編集する事で上記の変更が可能です。

/share/Webには様々な管理ページのファイルが含まれることから、
Webサーバのルートに指定したく無い場合も出てくるでしょう。

Webサーバのデフォルトディレクトリやバーチャルホストなどの設定情報は、
/etc/config/apache/extra/httpd-vhosts-user.confに格納されています。
このファイルのデフォルトパスを変更すれば良い訳です。

ただし、上記の変更を行うと、管理ページからバーチャルホストの設定を行ったときに
変更が元に戻ってしまうため注意が必要です。

以上を踏まえ、書き換え手順を記します。

1.設定ファイルを編集します。

vi /etc/config/apache/extra/httpd-vhosts-user.conf

<virtualHost _default_:80>
        DocumentRoot "/share/Web/"
</virtualHost>

　　↓

<virtualHost _default_:80>
        DocumentRoot "/share/Web/path/to/dir"
</virtualHost>

2.Webサーバを再起動します。

/etc/init.d/Qthttpd.sh restart

これで、設定が有効になります。
再起動後も上記ファイルの設定を有効にしたい場合は、
起動時にファイルを上書きする様にします。

3.起動時のファイル上書き設定

設定ファイルをHDD側に退避し、起動時に上書きする処理を起動時のスクリプトに記述します。

cp -p /etc/config/apache/extra/httpd-vhosts-user.conf /share/MD0_DATA/.qpkg/autorun/
vi /share/MD0_DATA/.qpkg/autorun/autorun.sh

cp -p /share/MD0_DATA/.qpkg/autorun/httpd-vhosts-user.conf /etc/config/apache/extra/
/etc/init.d/Qthttpd.sh restart

もし既に/etc/init.d/Qthttpd.sh restartが追加されている場合は
この前にcp -p 〜を追加します。

以上で、デフォルトページを変更することが出来ました。
これでよりセキュアなWebサーバの管理が出来る様になる事でしょう。