Updateは可変フレームレートで呼び出されるメソッドです。
このメソッドの呼び出し頻度によりFPSが定まります。

一方でFixedUpdateは物理シミュレーション用にUpdateとは独立して呼び出されるメソッドです。
こちらは常に一定のフレームレートで呼び出されます。
デフォルトでは0.01秒ごとに呼び出されます。
こちらはRigidbodyのAddForceメソッドを実行するために使用します。
Input係のメソッドなどはここで実行しても正しく動作しないため注意が必要です。